Cá ngừ vây xanh phương nam bị đánh bắt nặng nề vì chúng luôn được thèm muốn do thịt nhiều dầu, được ưa chuộng để làm sushi và fillet. Các nước như Nhật bản, Úc,New Zealand đã hạn chế số lượng cá ngừ vây xanh phương nam được phép đánh bắt. Hạn ngạch (Quota) cá ngừ vây xanh phương nam của Nhật bản là 6.000 tấn trong năm 2006. Theo Ủy ban Bảo vệ Cá ngừ Vây xanh Phương nam (CCSBT), Nhật bản đánh bắt gấp hai lần số lượng cá ngừ vây xanh phương nam được phép đánh bắt giữa năm 2003 và 2005. Các ngư dân Nhật bản nói rằng họ chỉ đánh bắt vượt mức 6.000 tấn một năm nhưng dựa trên số lượng cá được bán, CCSBT tính toán rằng từ 10.000 tấn tới 16.000 tấn thực sự đã bị đánh bắt.